Została założona w 1999 roku jako kontynuacja Komisji Koordynacyjnej Organizacji Żydowskich w Polsce.

W jej skład wchodzą przedstawiciele różnych organizacji żydowskich w Polsce, z wyjątkiem Polskiej Unii Studentów Żydowskich. Założyciele Federacji (z Towarzystwa Społeczno Kulturalnego Żydów, Stowarzyszenia Kombatantów, Dzieci Holokaustu, Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny) jako cel organizacji deklarują koordynację działań organizacji żydowskich, reprezentowanie ich na zewnątrz, a także przeciwstawianie się przejawom antysemityzmu, rasizmu i ksenofobii.