2 września 1939 roku Niemcy założyli w pobliżu wsi Sztutowo, u nasady Mierzei Wiślanej (w powiecie Nowy Dwór Gdański) tzw. obóz dla jeńców cywilnych (Alter Lager). Był on przeznaczone dla Polaków z Pomorza. Już 2 września 1939 roku osadzono w nim pierwszych 250 więźniów politycznych, aresztowanych na podstawie uprzednio przygotowanych list. Do połowy września 1939 roku w obozie uwięziono 6 tysięcy Polaków.
    Pierwotnie obóz składał się z 8 baraków więziennych, jednak bardzo szybko został znacznie rozbudowany.

23 listopada 1941 roku Stutthof został włączony do polityki eksterminacji Żydów. Obóz został powiększony do 120 ha i 30 baraków. Specjalna część została wydzielona dla transportów żydowskich, które pochodziły w większości z północnej Europy. Transporty przybywały ciężarówkami, kolejką wąskotorową oraz drogą morską - niewielkimi barkami z Gdańska. Z niewolniczej pracy więźniów korzystały pobliskie niemieckie zakłady przemysłowe.

W 1942 roku zmieniono status obozu Stutthof na obóz koncentracyjny. Od tego momentu najliczniejszą grupą więźniów zostali Żydzi, a pod względem przynależności państwowej - Polacy. We wrześniu 1942 roku w obozie wybudowano krematorium, a wiosną 1943 roku powstała komora gazowa. Od 1944 roku przeprowadzano regularne mordy więźniów gazem cyklon B, w szczególności Żydów. Wydajność komory wynosiła jednorazowo 150 osób. Ciała ofiar służyły między innymi Instytutowi Higieny w Gdańsku do eksperymentalnej produkcji mydła.

Niemcy stworzyli rozległą sieć podoobozów KL Stutthof, która liczyła 45 filii, między innymi w Elblągu, Policach, Gdyni, Gdańsku i Pruszczu Gdańskim. Więźniowie pracowali niewolniczo na rzecz niemieckich firm (m.in. Deutsche Ausrüstungs Werke (DAW), Focke-Wulff, Gerhard Eppe).

Komendantami obozu byli:
  SS-Hauptsturmführer Max Pauly - od 2 września 1939 do 31 sierpnia 1942;
  SS-Sturmbannführer Paul Werner Hoppe - od września 1942 do maja 1945.

W styczniu 1945 roku Niemcy przystąpili do ewakuacji więźniów. Kilkanaście tysięcy więźniów ruszyło w Marszach Śmierci na zachód. Z zimna zmarło conajmniej 12 tys. więźniów, a około 4 tysiące wieźniów rozstrzelano i utopiono w morzu. Część została wysłana statkami do Niemiec, do KL Neuengamme i do innych mniejszych obozów. 9 maja 1945 roku Armia Czerwona wyzwoliła kilka setek więźniów, którzy ukryli się podczas ewakuacji.

Szacuje się, że przez obóz koncentracyjny Stutthof i jego podobozy przeszło około 110 tys.-127 tys. więźniów, z czego 49 tys. to kobiety. Wśród więźniów najliczniejsi byli Żydzi - około 50 tys. Pełną liczbę ofiar KL Stutthof ocenia się na conajmniej 65 tys. osób (niektóre źródła podają 85 tys. ofiar).

W 1962 roku na terenie obozu założono Państwowe Muzeum.

Źródło materiałów: Dia-pozytyw, Encyklopedia oraz Wikipedia.